Después de un nuevo intento de asesinato de la senadora Padmé Amidala, el Consejo Jedi le encarga al padawan Anakin Skywalker la misión de proteger a la senadora, mientras que su maestro, Obi-Wan Kenobi, trata de descubrir la identidad del cazador de recompensas que se encuentra tras los intentos de asesinato.

Anakin y Padmé parten del planeta Coruscant hacia Naboo, lugar de origen de la senadora. Allí, Anakin acaba por revelarle a Padmé lo que siente por ella y a la vez se entera de que es correspondido. Pero ambos deciden reprimir sus sentimientos, debido a que a los jedis no se les permite enamorarse. Durante su estadía en Naboo, Anakin tiene sueños premonitorios en los que ve sufrir a su madre, Shmi Skywalker, y, junto con Padmé, decide viajar a Tatooine, el planeta donde había nacido y donde todavía se encontraba su madre. Allí se reúnen con la nueva familia de Shmi, los Lars, que le cuentan a Anakin apenados como su madre había sido secuestrada hacía ya un mes por los Tusken, los moradores de las arenas. Anakin parte solo en su búsqueda y encuentra a su madre prisionera en un campamento de los Tusken; no obstante, tras unas pocas palabras, Shmi muere y Anakin, furioso, asesina despiadadamente a toda la tribu de Tusken. Entonces lleva el cuerpo de su madre a la granja de los Lars, donde la entierran.

Mientras tanto, las investigaciones de Obi-Wan le llevan al planeta Kamino, donde descubre que los kaminoanos están preparando un ejército de clones para la República por encargo de un maestro jedi que había sido asesinado años atrás. Además, allí se encuentra al cazarrecompensas que había intentado asesinar a Padmé, Jango Fett, y al cual los kaminonianos están usando para crear los clones. Fett consigue escapar, pero Obi-Wan le sigue hasta el planeta Geonosis, donde descubre que se encuentran los separatistas de la República, a cargo del Conde Dooku. Obi-Wan trata de mandar un mensaje al Consejo Jedi para informarles, pero debido a un fallo en su transmisor, se lo envía a Anakin que se encuentra a menor distancia, para que él lo reenvíe. Obi-Wan acaba siendo apresado mientras lo grababa, por lo que Anakin y Padmé también van en su ayuda tras reenviar el mensaje. Ambos caen también prisioneros, pero numerosos jedi llegan a Geonosis para rescatarlos. No obstante, la mayoría de los jedis son neutralizados por el ejército droide de los separatistas y cuando todo parecía perdido, el maestro Yoda aparece con miles de soldados clon traídos de Kamino.

Se desata entonces la batalla de Geonosis, la primera librada entre la República y los separatistas y la que daría inicio a las Guerras Clon. En el fragor de la batalla, el Conde Dooku huye, perseguido por Anakin y Obi-Wan. Dooku derrota fácilmente a Obi-Wan y a Anakin, al cual le amputa el antebrazo; no obstante, antes de que les matara, el maestro Yoda acude en su ayuda e inicia un duelo con Dooku, que acaba huyendo.

Poco después, Anakin, ahora con un brazo mecánico, se casa en secreto con Padmé en los lagos de Naboo.

Fuente: WikiPedia ES